Сюжетная линия во многом строится на демонстрации различий в отношениях персонажей к генетическим мутациям. Она заставляет зрителя постоянно менять своё отношение и к мутантам, и к людям, как и к борьбе двух биологических видов. Сериал, прежде всего, посвящён сложным и трагическим взаимоотношениям Коты и Люси, страдающей от расстройства множественной личности. Причём история их отношений не является законченной.
В сюжете значительную роль играет секретная организация, занимающаяся исследованием мутации, убивая почти всех младенцев-диклониусов. Остальных мутантов держат с рождения в клетках и подвергают различным экспериментам, желая понять, на что они способны и как с ними можно справиться. Их официальная цель — любыми способами предотвратить распространение вируса, который приводит к появлению новых мутантов.
Однако внутри этой организации высокие посты занимают диклониусы из семейства Какудзавы, утратившие векторы, и в действительности желающие исчезновения людей и того, чтобы стать единовластными правителями новой расы. Для осуществления этого плана им требуется Люси из-за её детородной способности, так как она не является силпелитом. Родом Какудзава была создана на глубине 2000 метров колыбель новой расы диклониусов — Лебернсборн. По манге некоторые сотрудники этой организации безнаказанно постоянно насиловали и калечили подопытных силпелитов ради садистского развлечения, парализуя их двухкилограммовыми шипами с нейротоксинами, причиняющими нестерпимую боль и людям, и диклониусам.
Главный герой Кота (человек) помогает некоторым встреченным им диклониусам скрываться от этой организации. Но он не знает, кто такие диклониусы, на что способны и какую роль они сыграли в его судьбе. Главная героиня (диклониус) Люси, в начале изображена как хладнокровная убийца, убивающая почти всех без разбора, но в дальнейшем выясняется, что у неё есть свои причины ненавидеть людей.